Åklagare hoppar av fall efter kritik från Trump
"Det här är en hemsk och väldigt orättvis situation", skrev Trump på Twitter sedan åklagarna förordat att påföljden för Stone bör ligga på mellan sju och nio års fängelse.
Senare på tisdagen skrev justitiedepartementet i en inlaga att påföljden bör vara lägre.
"Regeringen framhåller ödmjukt att en fängelsedom långt lägre än 87 till 108 månaders frihetsberövande skulle vara rimligt under omständigheterna", heter det i skrivelsen.
Departementet tillägger att det kommer att finna sig i domstolens beslut men att åklagarnas rekommendation "bör övervägas noggrant och förutsättningslöst", skriver nyhetsbyrån Reuters.
Tre åklagare som drivit åtalet mot Trumps tidigare rådgivare har lämnat fallet, rapporterar CNN.
Justitiedepartementets inblandning i fallet väcker stark kritik inom oppositionen.
– Vi bevittnar nu ett frontalangrepp mot rättsstaten i USA, säger den demokratiske kongressledamoten Bill Pascrell till tidningen The Washington Post.
En jury fastslog redan i november att Stone är skyldig till att ha ljugit för kongressen, förhindrade av rättskipning och för att ha försökt påverka ett vittne. 67-åringen har åtalats inom ramen för den särskilde åklagaren Robert Muellers så kallade Rysslandsutredning – av Moskvas misstänkta inblandning under den amerikanska presidentvalskampanjen 2016.